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多個探針對應一個基因,取平均值或者最大值

這么簡單的問題,總是有人問,而且總是有人不搜索就到處問,本來我是很生氣的,后來想一想,應該是我們沒有教會大家搜索,也不能全部怪新手。

以前我都是建議大家取最大表達值探針來作為基因的表達量,其實最大值也好,平均值也罷,中位值也好,都是有各自的優缺點。 而且芯片探針這種落后的技術,在這些地方本來就不準確,糾結這種細節意義不大。

平均值代碼我給大家一個示范。

BiocInstaller::biocLite("CLL")

BiocInstaller::biocLite("hgu95av2.db")

library("hgu95av2.db")

library(CLL)

data(sCLLex)

sCLLex=sCLLex[,1:8] ## 樣本太多,我就取前面8個

group_list=sCLLex$Disease

exprSet=exprs(sCLLex)

exprSet=as.data.frame(exprSet)

exprSet$probe_id=rownames(exprSet)

head(exprSet)

probe2symbol=toTable(hgu95av2SYMBOL)

dat=merge(exprSet,probe2symbol,by="probe_id")

results=t(sapply(split(dat,dat$symbol),function(x) colMeans(x[,1:(ncol(x)-1)])))

如果你看著這個代碼,卻不知道如何修改成最大值,median等,說明你應該是要好好學習編程了。

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